L'eau souterraine correspond à toute l’eau qui se trouve sous le sol. Contrairement à la croyance populaire, l'eau souterraine n’existe que rarement sous la forme de lacs ou de rivières souterraines. Elle se glisse plutôt entre les interstices du sol.
L’eau souterraine est une ressource importante en ce qui concerne l'eau potable au Canada. Ce sont les nappes d'eau contenues dans les roches aquifères (roches-réservoirs) qui assurent l’approvisionnement de près du quart de la population canadienne (100 % à l’Ile-du-Prince-Édouard, 60 % au Nouveau-Brunswick et 20 % au Québec, par exemple). En milieu rural, où il y a peu de réseaux d'approvisionnement en eau municipaux, la dépendance à l’eau souterraine est encore plus importante.
Les nitrates
Les nitrates, fortement employés en agriculture car ils sont un élément important pour la croissance des végétaux, se retrouvent dans les engrais, mais également dans plusieurs types d'eaux usées. S'il y a infiltration d'eau contaminée jusqu'à la nappe phréatique, les nitrates, qui sont très solubles, s'y retrouveront également. La norme pour l'eau potable est de 10 mg N-NO3 par litre d'eau. Les jeunes enfants et les personnes âgées sont particulièrement sensibles à une eau dépassant ce taux. La méthémoglobinémie ou « maladie du bébé bleu » parfois mortelle est une intoxication des jeunes bébés associée à une trop grande concentration de nitrates dans l'eau.
Les coliformes
Les coliformes fécaux (E. coli) sont des bactéries qui témoignent d'une contamination par des matières fécales. C'est notamment le cas si l'eau analysée est à proximité de zones d’épandage excessif de fumier ou d’une installation septique non conforme. Les coliformes sont souvent associés à d'autres microorganismes pouvant être dangereux pour la santé. Certaines souches de E. coli sont elles-mêmes dangereuses. L'eau potable ne doit donc pas contenir de coliformes fécaux.
La description du site
La description du site, soit une observation attentive de ce qui entoure le puits ou la source, permet de récolter de l'information générale à propos de l'environnement naturel et de remarquer les activités humaines qui s'y déroulent. Ces informations aident à mieux comprendre les résultats observés.